【Abstract】
指状枝手水母（Cladonema digitatum）作为新兴入侵物种，其16,342 bp的线粒体基因组呈现典型的Capitata类基因排列模式，包含13个PCGs（蛋白编码基因）、2个rRNA和2个tRNA基因，并携带一段94 bp的伪cox1重复片段。AT含量高达68.8%（A:28.3%, T:40.6%），所有PCGs均以ATG起始，终止密码子呈现TAG（nad5/nad6/cox1）与TAA（其余10个）的分化。
【Introduction】
枝手水母属（Cladonema）在发育生物学和再生医学研究中具有模式生物价值，但其分类长期受形态可塑性与基因标记冲突困扰。尽管16S和COI条形码已应用于该属分类，多基因分析支持单系性而COI数据却显示多系性。目前仅2个枝手水母线粒体基因组（C. pacificum和C. multiramosum）被报道，本研究填补了该属关键基因组空白。
【Materials and methods】
样本采自福建闽江大学养殖系统，通过Illumina NovaSeq 6000平台测序（PE150, 10Gb数据），使用Getorganelle和NOVOPlasty组装。注释采用MITOS2结合BLASTX验证，系统发育分析选取12个水螅水母线粒体基因组（含2个Aplanulata外群），基于13个PCGs构建ML（IQ-TREE, GTR+F+I+G4）和BI（MrBayes, GTR+I+G）树。
【Results】
基因组特征：
• 线性结构，基因均位于正链（除rrnL和伪cox1片段）
• 重叠区≤10 bp，缺乏反向重复序列（IRSs）
• 独特伪cox1片段位于rrnL上游
系统发育：
ML与BI分析均以100%支持率证实：
C. digitatum + C. multiramosum
╚══ C. pacificum
该拓扑支持形态二分法——具丝状触手和胃囊的C. radiatum类群（含本研究的C. digitatum）与C. pacificum类群的分化。
【Discussion】
基因排列：与已报道的Capitata物种（如Millepora dichotoma）共享保守模块，伪cox1的广泛存在暗示其在刺胞动物中的非功能化。
分类学意义：
• 线粒体基因组解决了COI标记导致的枝手水母属多系性矛盾
• 需更多Cladonematidae科物种数据验证当前拓扑
生态警示：该入侵物种已对鱼类养殖（如黑鳍青鳉Oryzias melastigma）构成威胁，基因组资源将助力其生物防控。
【Conclusion】
本研究为枝手水母属提供了第三个线粒体基因组参考，其高分辨率的系统发育框架为厘清该类群形态-分子分类冲突奠定基础，同时为海洋入侵物种的分子监测提供新工具。